København kom sig hurtigt efter brændene, men d. 2. april 1801 slog admiral Lord Nelson til. England frygtede, at neutralitetsforbundet ville kontrollere de engelske handelsveje og forsyningsruter. Efter mislykkede diplomatiske bestræbelser parterne imellem resulterede det i krig.
De mange sårede og trætte soldater søgte tilflugt bag de tykke murer i korntørringsmagasinet, der sidenhen blev Admiral Hotel.
Efter 4 timer var der ingen afgørelse, og mange danske og engelske skibe var ukampdygtige. Den engelske øverstkommanderende Parker signalerede til den næstkommanderende Nelson, at han skulle trække flåden tilbage. Frederik VI accepterede med det samme våbenhvile uden at konsultere med de dansk-norske kommandører, Olfert Fischer og Steen Bille.
Krigen med den engelske flåde var endnu ikke overstået, og Danmark var stadig et af de neutrale lande i de stridigheder, der fandt sted mellem England og franskmændene med deres allierede. Englænderne ønskede, som i 1801, at Danmark skulle overgive sig til den engelske flåde, da de frygtede, at Kronprins Frederik ville overgive sig og falde i Napoleons hænder i Frankrig.
I 1806 havde Napoleon udstedt et dekret om fastlandsspærring, der fordrede, at al handel med Storbritannien blev forbudt for franskmænd og deres allierede. Den 2.-5. september foregik der en bombning af København, der stod på fra morgen til aften uden hensyn til hverken civile eller offentlige bygninger. Ud gennem vinduerne på pakhuset (sidenhen Admiral Hotel) kunne man observere byen, der stod i glødende flammer.
Den 6. september formuleredes kapitulationen, efter at mange soldater og civile var omkommet.
